alexxlab Виды грунтовки, характеристики, применение, преимущества
Содержание статьи
- Грунтовка или краска
- Грунтовка характеристики
- Преимущества
- Грунтовка поверхности
- Что делать после грунтовки?
- Поверхности под грунтовку
- Состав грунтовки
- Грунт для грунтовки
- Виды
- Функции
- Применение
- Выбор грунтовки
- Меры безопосности
- Взаимодействие поверхностями
- Особенности различных грунтовок
- Производители грунтовки
- Фасовка
Нужна ли грунтовка?
Тем, кто берется за самостоятельный ремонт своего жилья, важно помнить, что без нее качественная покраска невозможна, как и укладка кафеля, штукатурка, наклеивание обоев. Для приверженцев идеи ремонта в доме своими руками предлагаем небольшой очерк-систематизацию о применении и подборе данного продукта, ее месте в процессе ремонта своей квартиры.
Отличие нее от краски заключается в меньшем количестве пигментов и наличии такого компонента, как базы. Грунтовка – это состав, нанесение которого на предваряет ее покраску, чтобы усилить сцепление краски с плоскостью и улучшить впитывание краски.
Храктеристики грунтовки
Преимущества грунтовки
- Снижает расход краски
- Обеспечивает качественное наложение ЛКМ и прочность ее прикрепления к поверхности
- Обеспечивает равномерность окраски
- Почти полностью исключает трещины на краске
- Исключает процесс отхода наклеенных обоев от стены
- Исключает возможность непрочного крепления кафельной плитки
- Обеспечивает гладкость окрашенной поверхности.
- Исключает проявление пятен после покраски
- Обеспечивает блеск глянца
- Избавляет от химического запаха во время покраски
- Позволяет перекрасить из темного цвета в светлый
- Модифицирует ржавчину в защитный слой.
- Предотвращает заплесневение и гнилостные процессы
- Создает водоотталкивающую пленку на предмете
Поверхности для грунтовки:
- Кирпич
- Бетон монолит
- Цемент
- Блок пенобетонный
- Стяжка ангидридная
- Штукатурка
- ДВП, ДСП
- Гипсокартон листовой
После грунтовки проводят следующие работы:
- Шпаклевание
- Оштукатуривание
- Окрашивание
- Покрытие гидроизоляционными смесями
- Нанесение напольных смесей
- Наклейка обоев
- Крепление облицовочной плитки.
Поверхности, которые подлежат грунтовке:
- Пол
- Стены
- Потолок
- Металлоконструкции
Состав грунтовки включает различного происхождения и агрегатного состояния пленкообразующие вещества:
- Олифа
- Смолы эпоксидные, алкидные и мочевино-формальдегидные
- Пигменты (сурик, крон цинковый)
- Наполнители (тальк, слюда, мел)
- Связывающие вещества
| Наименование компонентов |
Содержание компонентов в составе, мас.% |
||||||
| 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 |
| Бутадиен-стирольный каучук | 8,0 | 3,5 | 12,5 | 8,0 | 8,0 | 8,0 | 8,0 |
| П-трет-Бутилфенолформальдегидная смола | 7,5 | 7,5 | 7,5 | 4,5 | 10,5 | 7,5 | 7,5 |
| Сополимер этилена с винилацетатом марки «Эватан» | 6,5 | 6,5 | 6,5 | 6,5 | 6,5 | 2,5 | 9,0 |
| Смесь аминометильныхпроизводных нонилфенолов и иххлоргидратов | 1,0 | 1,0 | 0,5 | 1,0 | 0,5 | 0,5 | 0,3 |
| в соотношении: (амин:хлоргидрат) | (2:1) | (2:1) | (2:1) | (2:1) | (2:1) | (2:1) | (2:1) |
| Пирокатехин | 0,1 | 0,1 | 0,1 | 0,1 | 0,6 | 0,1 | 0,1 |
| Оксид магния | 0,5 | 0,5 | 0,5 | 0,5 | 0,5 | 0,5 | 0,5 |
| Технический углерод | 1,5 | 1,5 | 2,0 | 1,5 | 1,0 | 1,5 | 1,5 |
| Сольвент нефтяной | 74,9 | 79,4 | 70,4 | 77,9 | 72,4 | 79,4 | 73,1 |
Варианты составов| Наименование компонентов |
Содержание компонентов в составе, мас.% | ||||||
| 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 |
| Бутадиен-стирольный каучук | 8,0 | 8,0 | 8,0 | 8,0 | 8,0 | 8,0 | 8,0 |
| П-трет-Бутилфенолформальдегидная смола | 7,5 | 7,5 | 7,5 | 7,5 | 7,5 | 7,5 | 7,5 |
| Сополимер этилена с винилацетатом марки «Эватан» | 6,5 | 6,5 | 6,5 | 6,5 | 6,5 | 6,5 | 6,5 |
| Смесь аминометильных производных нонилфенолов и их хлоргидратов | 0,5 | 1,0 | 1,0 | 1,0 | 1,0 | 1,0 | 0,2 |
| в соотношении: | |||||||
| (амин:хлоргидрат) | (25:1) | (10:1) | (5:1) | (3:1) | (1,5:1) | (1:1) | (2:1) |
| Пирокатехин | 0,1 | 0,1 | 0,1 | 0,1 | 0,1 | 0,1 | 0,1 |
| Оксид магния | 0,5 | 0,5 | 0,5 | 0,5 | 0,5 | 0,5 | 0,5 |
| Технический углерод | 1,5 | 1,5 | 1,5 | 1,5 | 1,5 | 1,5 | 1,5 |
| Сольвент нефтяной | 75,4 | 74,8 | 74,9 | 74,9 | 74,8 | 75,7 | |
Варианты составов| Наименование компонентов | Содержание компонентов в составе, мас.% | ||||||
| 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 |
| Бутадиен-стирольный каучук | 8,0 | 8,0 | 8,0 | 8,0 | 8,0 | 8,0 | 8,0 |
| П-трет-Бутилфенолформальдегидная смола | 7,5 | 7,5 | 7,5 | 7,5 | 7,5 | 7,5 | 7,5 |
| Сополимер этилена с винилацетатом марки «Эватан» | 6,5 | 6,5 | 6,5 | 6,5 | 6,5 | 6,5 | 6,5 |
| Смесь аминометильных производных нонилфенолов и их хлоргидратов | 0,3 | 3,0 | 1,0 | 1,0 | 1,0 | 1,0 | 1,0 |
| в соотношении: | |||||||
| (амин:хлоргидрат) | (2:1) | (2:1) | (2:1) | (2:1) | (2:1) | (2:1) | (2:1) |
| Пирокатехин | 0,1 | 0,1 | 0,02 | 0,7 | 0,9 | 0,1 | 0,1 |
| Оксид магния | 0,5 | 0,5 | 0,5 | 0,1 | 0,5 | 0,5 | |
| Технический углерод | 1,5 | 1,5 | 1,48 | 1,3 | 1,5 | 0,5 | 3,5 |
| Сольвент нефтяной | 75,6 | 72,9 | 75,0 | 74,0 | 74,5 | 75,9 | 76,9 |
Варианты составовВиды грунта:
- Латексный
- Бетоноконтакт – адгезионный с акриловым связующим. Улучшает прикрепление декоративного покрытия к гладким невпитывающим материалам как бетон, плитка кафельная. Содержит кварцевый песок, цемент
- Проникающая – ее мельчайшие частицы глубоко заполняют поры. Имеет цвет мутной жидкости.
- Укрепляющая . Связывает с предметом, уравнивает его. Белого цвета, потому что частицы ее крупные. Впитывается неглубоко.
- Праймер:
Улучшает прикрепление декоративного покрытия к гладким невпитывающим материалам как бетон, плитка кафельная. Содержит кварцевый песок, цемент- мастика битумная, обезжиривает бетон и железо. Непрозрачная белая жидкость глубочайшего проникновение, образует водонепроницаемую пленку, уничтожает ржавчину.
- Эпоксидный праймер для обработки железа и защиты от ржавчины
- Полиуретановый праймер для укрепления пористого бетона, металла, кирпича, штукатурки, когда планируется покрытие из полиуретана, полимерцемента, эпоксида. Действует на холоде, уничтожает ржавчину.
- На алкидной смоле. Для обработки дерева, ПВХ, стекла, стекловолокна, кафеля. Растворитель к ней – уайт-спирит. Подходит под все виды красок, шпаклевок, большинство клеев. Цена низкая.
Растворитель к ней – уайт-спирит. Подходит под все виды красок, шпаклевок, большинство клеев. Цена низкая.Бывает следующих видов:
- влагоизоляционная,
- противогрибковая,
- противоплесневая,
- пигментированная,
- антикоррозийная.
Недостатки: сохнет более половины суток; если наносить краску на непросохшую грунтовку, краска свернется. Уайт-спирит повышает токсичность ее. Нужна вентиляция помещения, пока не высохнет полностью. Не берет рыхлую и осыпающуюся основу. Инструменты после работы с ней не отмываются. Их можно хранить некоторое время, обернув тканью, смоченной уайт-спиритом, и надев сверху полиэтиленовый пакет. Через два дня после такого хранения использованные кисти и валики засыхают и выбрасываются. Деформирует строительные синтетические сетки. Токсична, востребованы средства защиты как очки, перчатки, маска.
- На акриловой основе, полимерный состав. Полупрозорачный раствор, создает бесцветную пленку. Застывая, создает дышащую кристаллическую решетку. Имеет антисептическое и антигрибковое действие. Почти нетоксична.
Полупрозорачный раствор, создает бесцветную пленку. Застывая, создает дышащую кристаллическую решетку. Имеет антисептическое и антигрибковое действие. Почти нетоксична.Виды грунтовок
Глубоко проникающая грунтовка (до 20 мм)
.
Укрепляет обрабатываемую плоскость. Цена невысокая. Недостатки: на нее ЛКМ наносится недостаточно равномерно: чередуются блестящие и шероховатые участки. Если на стене имелись пятна, они проявятся после покраски.
Грунтовка густая латексная акриловая.
Выравнивает изделие, не дает проявляться пятнам. Недостатки: меньшая проникающая способность, высокая цена. Можно наложить вторым слоем после жидкого грунта глубокого проникновения, особенно при фасадных работах.
Универсальная грунтовка.
Проникновение до 5 мм. Действует на улице и в помещении, на любых предметах. Действует при повышенной влажности и перепадах температур. Используется под шпаклевку и гипсокартон. Универсальная включает в себя такие виды.
Для бетона и под покрытия из полиуретана. Проникает вглубь него до 3 мм, что помогает, например, при накладывании пола из полиуретана или эпоксида. Также пригоден для дерева, железа. Другая разновидность впитывается до 10 мм глубины и повышает его износостойкость.
Шеллаковая.Основа – млечный сок насекомых, разбавленный метиловым спиртом. Мешает проступанию смолы на древесине. Является базой для водных морилок.
Алюминиевая.Антикоррозийная, придает глянец предмету. Защищает черные металлы. Выпускается как аэрозоль, используется в промышленности и сельском хозяйстве.
Поливинилацетатная.Свойства, как у латексной, помимо этого, герметизирует. Густая, белого цвета. Наносится под светлые ЛКМ, не имеет запаха, лучше всего работает на бетоне, штукатурке, шпаклевке и гипсокартоне.
Эпоксидная.Для бетона и железобетона, камня, дерева, металла. Характеристики подобны полиуретановой.
Для фасадных работ, основа — калийное жидкое стекло. Используется под силикаты, бетон, штукатурку известковую. Можно обрабатывать любые, в том числе влажные и подземные помещения.
Функции грунтовки:
- Уничтожение ржавчины
- Подготовка деревянной изделий к окрашиванию
- Устранение дефектов
- Обеспечение сцепления с ЛКМ
Грунтовка применение
Как правильно выбрать грунтовку
Выбор зависит от материала на котором будет применяться. При хорошем состоянии — берем укрепляющую основу, которая обеспылит ее и покроет защитной пленкой.
Если плоскость нуждается в глубоком связывании, требуется продукт глубокого проникновения с мельчайшими частицами.
Также учитываем особенности применяемой отделки. Под вододисперсионную ЛКМ применяется водорастворимый грунт, под масляную применяется масляная.
Акриловая применяется везде, кроме металла.
На него идут различные специализированные грунтовки.
Пассивирующая нейтрализует действие воды.
Протекторный — нейтрализует действие электролита.
Инструмент для грунтовки:
- Кисти, валики
- Распылитель
- Наждак мелкий, машина шлифовальная
- Скребок, шпатель
- Шпаклевка
- Смывка
- Ванночка для состава
- Средства защиты: очки, перчатки
Расход идет из расчета примерно 150 мл на 1 метр квадратный поверхности.
Правила нанесения грунтовки:
- Очистка основы от всех посторонних элементов механическим воздействием или смывкой. Неровности до 1,5 выравнивать шпатлевкой и сушить до 1 недели.
- При желании шлифовка шлифовальной машиной или наждаком.
- Наложение грунта.
- налить ее в посуду, окунуть в нее кисть или валик
- нанести ее на основу, углы и за батареями
- Дождаться полного высыхания слоя. Неблагоприятны низкая температура и высокая влажность. Оптимальна температура около 20 градусов С.
- после высыхания второго слоя надо сразу применить ЛКМ
- рыхлое основание, как, например, пенобетон нуждается в большем количестве продукта.
Меры безопосности при нанесении грунтовки:
- Защищать глаза и руки очками и перчатками
- Помнить о возможности аллергической реакции
- Избегать попадания ее на тело, т.к. она плохо смывается.
Взаимодействие с разными поверхностями:
- Бетон. Лучше всего употреблять проникающую, особенно перед нанесением самовыравнивающей смеси для пола.
- Дерево, гипс. Защита от воды.
- Гладкие поверхности. От гладкой легко отпадают отделочные материалы. Требуется специальная грунтовка с кварцевым песком для удержания отделки.
- Защита от бактерий и плесени. Требуется с антигрибковыми и антибактериальными добавками. При появлении плесени хотя бы на одном участке надо обработать все стены с целью защиты.
Требуется специальная грунтовка с кварцевым песком для удержания отделки.Особенности работы с различными видами грунтовок
- Кварцевая. Наносится на гипсокартонные стены, поверх первого слоя наносится слой шпаклевки, затем на шпаклевку кладется второй слой, а затем применяется ЛКМ. Цвет ее должен соответствовать цвету краски.
- Бетоноконтакт. Для плотных невпитывающих изделий, как блоки, стены, потолки, монолит. Перед оштукатуриванием необходимо обработать их бетоноконтактом.
- Ее не могут заменить дисперсии из полимера или водоэмульсионные краски, при их употреблении неизбежен бракованный результат.
Производители лучших грунтовок:
- Тиккурила, Финляндия
- Sherwin-Williams, USA
- Финнколор, Россия
- Beckers, Швеция
- Хенкель Баутехник (Ceresit СТ 17)
- Dali грунт-эмаль по ржавчине
- Olympic (Acryl Grundierung)
- Беларусь (Belinka)
Лучше брать грунтовки и сухие смеси от одного производителя, они лучше сочетаются.
Фасовка грунтовки
Готовые смеси, неразбавленные концентраты и сухие смеси, иногда баллоны.
Это наиболее необходимые знания о ней для людей, любящих ремонт. Успеха Вам, работы без выбраковки, правильного Вам подбора сочетаний отделочных изделий!
Характеристики универсальной грунтовки, состав, виды
Главная » Грунтовки, пропитки
На чтение: 5 минОпубликовано: Автор: Казарин Сергей
Содержание
- Особенности и свойства универсальной грунтовки
- Состав
- Назначение
- Виды
- Применение
- Технические характеристики универсальной грунтовки
- Преимущества грунта
- Производители универсальной грунтовки
- Грунтовка Bergauf
- Грунтовка Beckers
- Грунтовка Ceresit
- Грунтовка Unis
Грунтование оснований, независимо от типа поверхности и ее расположения – неотъемлемый этап любых ремонтных работ.
Технические характеристики универсальной грунтовки делают ее максимально подходящей для обработки любого типа поверхностей. Она призвана выполнять сразу несколько функций, присущих специализированным составам.Особенности и свойства универсальной грунтовки
Предназначается она для подготовки оснований к финишной отделке. Состав грунтовки универсальной способствует повышению эксплуатационных параметров поверхности.
Состав
Смесь для грунтования поверхностей содержит:
- пленкообразующие агенты;
- пластификаторы;
- модифицирующие добавки;
- антисептические компоненты;
- вещества, ускоряющие впитывание и полимеризацию грунтовки;
- окрасочные пигменты.
Назначение
Грунтовка универсальная призвана одновременно выполнять множество функций:
- Укреплять поверхность, предотвращая ее осыпание, крошение или меление;
- Упрочнять основание, делая его монолитным и надежным;
- Способствовать повышению водоотталкивающих характеристик поверхности;
- Улучшать сцепление основания с последующей отделкой;
- Обеспечивать равномерность и легкость нанесения шпаклевки, штукатурки или лкм;
- Защищать стены от образования плесени;
- Выравнивать впитывающую способность;
- Экономить материалы, используемые для декоративной или финишной отделки;
- Ускоряет отвердевание шпаклевочных слоев;
- Увеличивать эксплуатационный срок декоративной отделки.
Виды
Состав может производиться в двух разновидностях:
- Грунтовка универсальная акриловая, содержащая акриловые полимеры;
- Грунтовка глубокая универсальная, используемая для максимально глубокой пропитки основания.
Также сегодня можно встретить и латексный универсальный состав, и антикоррозийный.
Применение
Сфера применения грунта достаточно обширна, что и делает его универсальным:
- бетонные основания;
- металлические;
- деревянные;
- пеноблоковые;
- газобетонные;
- древесноволокнистые;
- древесностружечные;
- кирпичные;
- оштукатуренные;
- каменные;
- гипсокартонные;
- гипсоволокнистые.
Не исключениями являются поверхности из известняка или гипса, газосиликатных и цементно-песчаных материалов.
Технические характеристики универсальной грунтовки
| Характеристики | Единица измерения | Значение показателя |
| Температурный режим | °С | +5…+30 |
Приблизительная площадь нанесения 1 слоя (10 л. ) | м² | 65 |
| Время полимеризации 1 слоя | мин. | 30-90 |
| Варианты фасовки | л | 0,9; 2,5; 5; 10 и т. д. |
| Срок хранения | мес | 6 |
| Температура хранения | °С | от +5 до +50 |
Расход грунтовки универсальной в среднем равен 0,15 кг/м2. В первую очередь он зависит от типа основания и его пористости, а также количества слоев.
Средняя цена колеблется в пределах от 280 до 700 р. за 10 л.
Преимущества грунта
Грунтовка универсальная – состав, наделенный множеством преимуществ, присущих каждому виду специализированных грунтовок в отдельности.
Сначала стоит отметить уникальные адгезионные качества грунта за счет образования тончайшей пленки, играющей роль своеобразного магнита, буквально притягивающего наносимый отделочный материал. Это обеспечивает не только долговечность, но и привлекательность декоративной отделки.
Вдобавок, пленка, образуемая после полимеризации жидкости, повышает влагостойкость основания, что говорит о возможности применения состава для обработки как сухих, так и влажных помещений. А хорошая паропроницаемость не создает воздухонепроницаемого барьера.
Состав грунтовки универсальной также известен своими проникающими и укрепляющими свойствами. Проникая вглубь поверхности, грунт склеивает все отслаивающиеся и осыпающиеся частички поверхности и делает ее цельной и монолитной.
Иными словами говоря, основание становится прочным и надежным. Оно обретает однородную, плотную структуру. Особенно хорошо справляется с этой целью грунтовка глубокая универсальная, славящаяся своими проникающими качествами.
Покраска универсальной грунтовкой – простой процесс, что позволяет с легкостью справиться с задачей, имея в арсенале валики и несколько кистей. А быстрая полимеризация грунта ускоряет ремонтные работы в целом.
Этому способствует также безупречная эластичность состава, благодаря которой грунт отлично укрывает как относительно гладкие металлические и бетонные, так и сложные деревянные, кирпичные или каменные поверхности.
Ведь именно тип поверхности и определяет расход грунтовки универсальной. Кроме того, эластичность позволяет наносить грунт равномерно.
И грунтовка универсальная акриловая, и глубоко проникающая – экологичные, пожаростойкие и нетоксичные, поэтому их применение при внутренней отделке совершенно безопасно.
Помимо этого, грунтовка универсальная, цена которой достаточно приемлема, очень экономно расходуется, снижая при этом расход финишных отделочных материалов.
Среди недостатков стоит отметить лишь то, что хотя универсальная грунтовка и призвана решить несколько задач одновременно, однако она все же уступает по эффективности специализированным составам, разработанным для основательного решения той или иной проблемы с основанием.
Производители универсальной грунтовки
Сегодня грунтовка универсальная выпускается многими известными на рынке отделочных материалов производителями. Ценовая политика, установленная на продукцию, регулируется изготовителем.
Наиболее популярные и качественные универсальные грунты:
Грунтовка Bergauf
Совместное отечественно-германское производство позволило получить уникально качественный и профессиональный состав.
Продукция сертифицируется в соответствии с европейскими стандартами качества и безопасности.
Грунтовка Beckers
Выпускается от имени скандинавской компании, признанной лидером в своей сфере. Эффективность скандинавских грунтов подтверждена научным и опытным путем. Пригодны они для обработки всех типов оснований.
Грунтовка Ceresit
Торговая марка принадлежит одному из крупнейших немецких заводов Henkel. Почти 150-летний опыт компании позволяет получать необычайно качественный грунт, расходуемый весьма экономно.
Грунтовка Unis
Один из лучших составов российского производства. Популярен не только в пределах РФ, но и в странах СНГ. Привлекает качественными характеристиками и продолжительной жизнеспособностью раствора.
Не меньший интерес для отечественного потребителя вызывает грунтовка Основит и Лакра. Имея достаточно низкую стоимость, растворы отличаются безупречными эксплуатационными параметрами.
Свойства и характеристики универсальной грунтовки делают ее поистине уникальной.
Высококачественный набор компонентов позволил получить необычайно функциональный состав, придающий поверхности оптимальную прочность, влагостойкость и износоустойчивость.
Характеристики универсальной грунтовки, видео
Казарин Сергей/ автор статьи
Эксперт по финишным отделочным материалам (напольные, настенные и потолочные покрытия).
Понравилась статья? Поделиться с друзьями:
Преобразование формата -Combine FASTA Анализ последовательности — Участок кодона Цифры последовательности — Сохранение выравнивания цвета Случайные последовательности -Мутирование ДНК Разное -Коды IUPAC дом |
|
Присылайте вопросы и комментарии по адресу 
Максимально допустимая длина праймера составляет 50 оснований. Учебное пособие по дизайну грунтовки | Geneious Prime
Узнайте, как импортировать, разрабатывать и тестировать олигонуклеотидные праймеры, пары праймеров и комбинации пар праймеров и зондов в Geneious Prime
Введение Geneious Prime предоставляет ряд инструментов для импорта, разработки и тестирования олигонуклеотидных праймеров, пар праймеров и комбинаций пар праймер/зонд.
Доступ к большинству инструментов, описанных в этом руководстве, можно получить с помощью кнопки Primers на панели инструментов Geneious Prime.
Некоторые общие рекомендации по дизайну праймеров:
- Область связывания должна иметь размер 17-27 п.н.
- Область связывания Tm в диапазоне от 50 до 65°C
- Умеренное содержание G+C
- Избегайте повторяющихся поли-N областей
- Избегайте вторичной структуры (шпильки, самодимеризация или димер праймера)
- Пары праймеров должны иметь сходную Tm (±4°C)
9 ИНСТРУКЦИИ
Чтобы пройти обучение самостоятельно с включенными данными последовательности, загрузите руководство и установите его, перетащив zip-файл в Geneious Prime. Не распаковывайте учебник.
СКАЧАТЬ РУКОВОДСТВО
Упражнение 1
A Primer Primer
Упражнение 2
Ручной вход праймеров
УПРАЖНЕНИЯ 3
ИМПОМАРТИРОВАНИЕ ПРИМЕРА
.
Дизайн пар праймеров для ПЦР
УПРАЖНЕНИЕ 6
Тестирование праймеров против мишени
УПРАЖНЕНИЕ 7
Дизайн вырожденных праймеров
В этом разделе мы рассмотрим, как праймеры представлены в Geneious Prime.
Праймеры — это особый тип файлов в Geneious Prime. Файл учебника будет отмечен значком зеленой стрелки в таблице Geneious Document Table.
Выберите файл учебника T7 Promoter, предоставленный с этим учебным пособием, чтобы просмотреть его.
Вы увидите, что праймер содержит последовательность ДНК со связанной аннотацией primer_bind «область связывания». Эта аннотация primer_bind представляет собой область, которая, как ожидается, будет связываться с комплементарной мишенью праймера. Различные метаданные, включая %G+C, температуру плавления (Tm), Tm шпильки и Tm собственного димера, рассчитываются и сохраняются вместе с аннотацией при создании праймера.
Geneious использует Primer3 для расчета значений Tm. Обратите внимание, что Primer3 не может рассчитать статистику Tm для праймеров с областями связывания длиннее 35 нуклеотидов.
«Участок связывания» определяет последовательность, рассматриваемую при тестировании на комплементарное соответствие целевой последовательности.
Если навести указатель мыши на зеленую аннотацию Binding Region , появится желтая подсказка с метаданными primer_bind .
Праймеры также могут включать 5′-удлинение. Эта область расширения не охватывается аннотацией primer_bind , поскольку ожидается, что область расширения не будет участвовать в отжиге «первого раунда» с целевой последовательностью.
Выберите второй образец последовательности праймера xynB R , чтобы просмотреть праймер с удлинением, содержащим последовательность 5′-PolyA и сайт рестрикции Hin dIII.
В Geneious Prime различные операции могут добавлять праймеры к целевым последовательностям в качестве аннотаций, например, с помощью инструмента Праймеры → Тест с сохраненными праймерами (подробно описано в Упражнении 6 ).
Когда к последовательности добавляется аннотация праймера, часть primer_bind праймера будет окрашена в темно-зеленый цвет, если он связывается в прямом направлении (т. е. дополняет обратную цепь), или в светло-зеленый, если он связывается в обратном направлении. . Если праймер имеет удлинение, то оно будет изображено в виде приподнятой слегка заштрихованной несвязывающей области. Если расширение имеет определенные функции, то при более высоких увеличениях они будут видны.
Выберите последовательность DTU76545, увеличьте масштаб положения 1140, и вы увидите положение связывания праймера xynB R обратного праймера, аннотированное на последовательности. Вы можете видеть, что удлинение включает 5′-полиА-область и сайт рестрикции Hin dIII.
Вы увидите, что при аннотации целевой последовательности аннотация обратного праймера указывает справа налево, поскольку она соответствует комплементарной цепи мишени. Как следствие, последовательность расширения также читается справа (5′) налево (3′).
Упражнение 2. Ручной ввод новой последовательности праймеровСоздание одной последовательности праймеров
Если вы хотите создать праймер, например, используя опубликованную последовательность праймеров, перейдите в меню Файл → Создать → Последовательность . Откроется окно New Sequence , просто введите последовательность праймера и установите Введите на Primer. Если праймер имеет расширение, выберите область, соответствующую области связывания, затем нажмите кнопку Область привязки: кнопка, чтобы установить начальную точку области привязки.
Нажмите OK , и будет создан новый файл праймера.
Кроме того, вы можете добавить расширение после создания праймера. Для этого создайте праймер, как описано выше, но не включайте расширение. После создания праймера выберите новый праймер и перейдите Primers → Add 5’ Extension . Это позволит вам добавлять в учебник для начинающих аннотированные элементы расширения, такие как сайты ограничений или сайты-шлюзы.
Упражнение 3: Импорт таблиц праймеровВы можете легко импортировать последовательности праймеров из электронных таблиц или текстовых документов с разделителями. Как минимум, табличные данные должны иметь два столбца: первый столбец для названия праймера, второй для последовательности праймера (5′-3′).
Импорт букварей из текстового документа с разделителями
Если у вас есть коллекция букварей в электронной таблице Excel, вы можете сохранить файл в формате с разделителями табуляции (.tsv) или с разделителями-запятыми (.csv). Затем либо импортируйте через меню Geneious Prime Файл → Из файла… или просто перетащите файл с разделителями в окно Geneious Prime.
Geneious Prime определит, что вы импортируете табличные данные, и попросит вас подтвердить формат импорта. После подтверждения формата откроется окно Import Sequences .
Импорт праймеров путем копирования и вставки
Если у вас есть праймеры в электронной таблице Excel или в текстовом файле с разделителями, вы можете просто Скопировать (CTRL-c или command-c) данные столбца из электронной таблицы, перейдите в Geneious Прайм и Вставить (CTRL-v или command-v). Geneious Prime обнаружит, что вы импортируете табличные данные с разделителями, и попросит вас подтвердить формат импорта. После подтверждения формата откроется окно Import Sequences .
Упражнение: Импорт путем копирования и вставки
В этом упражнении мы будем импортировать праймеры в виде данных с разделителями табуляции (.tsv). В таблице Geneious Document выберите файл Primers как текст с разделителями, затем выберите и скопируйте три строки текста с разделителями табуляцией из трех столбцов на панели просмотра:
Затем нажмите на пустую строку в таблице документов, чтобы отменить выбор текстового файла, и перейдите к Вставить (CTRL-v или command-v).
Откроется диалоговое окно Specify File type , выберите верхний вариант TSV и нажмите OK .
Откроется диалоговое окно Import Sequences . В этом диалоговом окне можно указать формат импортируемых данных и сопоставить столбцы таблицы с соответствующими полями метаданных файла.
Убедитесь, что тип импорта установлено значение Primer , установите флажок Определить характеристики (это добавит значения Tm к аннотации primer_bind ). Поскольку первая строка скопированных данных — это заголовки, убедитесь, что установлен флажок Значения верхней строки — это заголовки столбцов . Наконец, убедитесь, что столбцы Name , Sequence и Description сопоставлены с соответствующими полями метаданных.
Нажмите OK , и в этой папке учебника будут созданы два новых файла учебника.
Ручной дизайн новых праймеров
Geneious Prime включает новую функцию для быстрого ручного создания новых праймеров.
Если вы выберете любую область (100 нуклеотидов или меньше) последовательности ДНК, то Geneious отобразит плавающую подсказку по выбору , которая отображает длину и Tm выбранных нуклеотидов. Кнопка Добавить грунтовку расположена справа от Подсказка по выбору . Вы можете выбрать и перетащить, чтобы изменить положение Подсказка по выбору , если она мешает.
Tm в Подсказке по выбору ( RoughTm ) вычисляется динамически, как описано в разделе 5.2.9 руководства Geneious .
Удовлетворившись положением и Tm выбором, вы можете нажать кнопку Добавить грунтовку , чтобы открыть диалоговое окно Добавить аннотацию .
Добавить аннотацию откроется диалоговое окно с настройками, подходящими для создания нового праймера.
Затем можно присвоить праймеру Имя , задать праймеру Направление и, при необходимости, добавить Расширение .
Сведения о грунтовке, рассчитанные с помощью Primer3 , отображаются в разделе Характеристики диалогового окна, чтобы вы могли убедиться, что грунтовка подходит для предполагаемого применения.
Обратите внимание, что Primer3 — производное Tm может немного отличаться (∓1-3°C) от значения, указанного в Рекомендации по выбору . Это связано с тем, что Primer3 использует более сложный алгоритм, учитывающий концентрации праймеров, нуклеотидов и буферных солей. Вы можете щелкнуть ссылку Tm Options , чтобы установить концентрации компонентов в соответствии с теми, которые будут использоваться в предполагаемом эксперименте.
Упражнение:
В этом упражнении будет разработан новый прямой праймер для использования в ПЦР с уже существующим обратным праймером.
Целевая последовательность DTU76545, которую мы будем использовать, содержит CDS бактерии Dictyoglomus thermophilum xyn B. Созданный нами праймер будет амплифицировать область, кодирующую продукт зрелого гена XynB.
Новый праймер будет включать расширение, которое включает сайт рестрикции Nco I в продукт ПЦР. Сайт Nco I будет расположен таким образом, чтобы можно было лигировать расщепленный продукт ПЦР в экспрессирующую плазмиду pET26B таким образом, чтобы внутри считывания происходило слияние между xyn B CDS и сигнальный пептид PelB, кодируемый плазмидой. Мы также добавим 5′-полиА-спейсер, чтобы гарантировать, что фермент Nco I сможет эффективно разрезать новый сайт Nco I.
Область связывания нашего нового праймера должна иметь Tm около 55°C, чтобы соответствовать Tm праймера xynB R Reverse , который уже аннотирован в последовательности DTU76545.
1. Выберите файл DTU76545 и увеличьте масштаб/прокрутите его примерно до позиции 140 п.н.
Вы увидите аннотацию сигнального пептида розового цвета, которая определяет границу между предсказанным сигнальным пептидом XynB и зрелым ферментом ксиланазой. Мы разработаем праймер, который амплифицируется с последнего кодона (Ala) сигнального пептида.
2. Перейдите на вкладку Показать на панели просмотра и включите Перевод . Убедитесь, что для параметра Frame установлено значение By Annotation . Это гарантирует, что мы увидим перевод xynB CDS.
3. Выберите вектор pET26B и увеличьте масштаб до позиции 5137 п.н. Вы увидите Nco I сайт, который мы хотим использовать для создания внутрикадрового слияния с лидерной последовательностью PelB. Включите Перевод по аннотации , как описано в шаге 2. Вы увидите, что ATG в сайте Nco I (ccATGg) кодирует метионин (M) в CDS PelB.
Последний нуклеотид «G» в Nco I соответствует положению 1 в следующем кодоне. Мы будем использовать это позиционирование, чтобы убедиться, что мы позиционируем сайт Nco I в нашем новом праймере для создания внутрирамочного слияния между PelB и зрелым XynB.
4. Вернитесь к целевой последовательности DTU76545. Щелкните и перетащите от второго положения последнего кодона сигнального пептида (CT-Ala), чтобы выбрать область с прогнозируемой Tm около 55°C. Нажмите кнопку Добавить грунтовку , чтобы открыть диалоговое окно Добавить аннотацию .
5. В диалоговом окне Добавить праймер дайте праймеру Имя: xynB F праймер , подтвердите, что направление установлено на Вперед , проверьте Характеристики и подтвердите, что они в порядке, затем нажмите кнопку Extension , чтобы добавить новое расширение.
6. Нажмите кнопку Добавить: Restriction Site , выберите Nco I из раскрывающегося списка, затем перейдите OK .
7. Нажмите кнопку Добавить: Bases , введите «AAAA» в поле Bases:, дайте добавлению имя «Poly-A» и установите для Type: значение «Poly-A», затем нажмите OK .
8. Убедитесь, что Poly-A является крайней левой (5′-) «деталью расширения», вы можете перетаскивать части, чтобы изменить их порядок, если это необходимо.
9. Нажмите OK , чтобы закрыть диалоговое окно Primer Extension , затем нажмите OK еще раз, чтобы закрыть диалоговое окно Редактировать аннотацию . Теперь вы должны увидеть новую аннотацию праймера, связанную с последовательностью. Вы можете видеть, что «ATG» в расширении NcoI находится внутри кадра с CDS xynB. Нажмите кнопку Сохранить (или нажмите CTRL-S или command-S), чтобы сохранить.
10. На последних двух шагах этого упражнения мы подтвердим, что новый праймер генерирует желаемый продукт ПЦР. Выберите файл DTU76545, затем на панели инструментов Geneious Prime перейдите Праймеры → Извлечь продукт ПЦР… .
Инструмент обнаружит аннотации праймера в последовательности и выберет их для вас. Нажмите OK , чтобы продолжить, будет создан новый файл продукта PCR.
11. Выберите новый продукт DTU76545 PCR и увеличьте масштаб, чтобы просмотреть каждый конец. Вы увидите, что удлинения праймеров теперь включены в последовательность продуктов ПЦР. Вы также можете подтвердить, что кодон ATG, полученный из Nco I, находится в рамке считывания с CDS xynB.
Упражнение 5. Дизайн пар праймеров для ПЦРВ этом упражнении мы будем использовать инструмент Primers → Design New Primers… для разработки праймеров для ПЦР для амплификации части гена COX1 из генома мамонта.
Нажмите на митохондрию NC_007596 — Mammuthus primigenius (шерстистый мамонт), завершите геном и найдите ген COX1. Если у вас возникли проблемы с поиском COX1, откройте вкладку Аннотации и дорожки справа от средства просмотра последовательности и введите COX1 в поле фильтра.
Выбрав аннотацию COX1, нажмите Primers и выберите Design New Primers… .
В этом диалоговом окне вы можете указать, куда вы хотите поместить свои праймеры, какой размер продукта ПЦР вы хотите вернуть, а также такие характеристики, как размер и температура плавления. В разделе Task выберите Generic и установите флажок Included Region . Это указывает, где будут располагаться праймеры, поэтому должно быть установлено от 5,331 до 6,878 — пар оснований, которые охватывает ген COX1. Если есть определенная часть гена, которую вы хотите амплифицировать в ПЦР, установите ее в разделе «Целевая область». В этом примере у нас нет определенной области ЦОГ1, которую мы хотим амплифицировать, но мы хотим убедиться, что наши продукты ПЦР имеют длину менее 300 п.н., чтобы праймеры работали с деградировавшей ДНК. Поэтому снимите флажок «Целевой регион» и установите размер продукта в пределах 9 0206 200 и 300 п.н. с оптимальным размером 250 п.
н. . Установите Число пар для создания на 1.
В разделе Tm Calculation приведены подробные сведения о формуле, используемой для расчета температуры плавления олигонуклеотидов. Вы можете оставить это с настройками по умолчанию.
Разверните раздел Характеристики . Здесь можно задать требуемые свойства праймеров, такие как длина праймера, оптимальная температура плавления (Тпл) и штрафы за шпильки и праймеры-димеры. Для многих приложений настройки по умолчанию будут работать нормально, но вам может потребоваться изменить их, если не будут найдены подходящие праймеры с настройками по умолчанию, например, если у вас особенно богатая GC или AT целевая последовательность или вам нужны более длинные праймеры. Для учебников, которые мы разрабатываем здесь, мы можем использовать значения по умолчанию для большинства этих параметров, за исключением 9.0206 Максимальная разница Tm . Установите значение 2, чтобы ограничить разницу Tm между праймерами F и R и убедиться, что они будут работать в одной реакции ПЦР.
Теперь окно Design New Primers должно выглядеть следующим образом:
Нажмите OK , и теперь Geneious обновит последовательность подходящими праймерами, отображаемыми в виде аннотаций. Выберите аннотацию COX1 и увеличьте ее с помощью кнопки масштабирования справа от средства просмотра последовательности. Теперь вы должны увидеть аннотации праймеров, названные базовым номером, с которого они начинаются (если вы их не видите, убедитесь, что вы удалили COX1 из поля фильтра на вкладке «Аннотации и треки»). Нажмите Сохранить , чтобы сохранить аннотации праймера в последовательности.
Наведите указатель мыши на аннотацию праймера, и вы увидите всплывающую подсказку, содержащую характеристики праймера для ПЦР и продукта. Из этого видно, что эти праймеры должны амплифицировать продукт длиной 250 п.н., и что Tm для обоих праймеров составляет 60°С.
Нажмите на каждую аннотацию учебника для выбора, затем нажмите Извлечь , чтобы извлечь учебники для начинающих в таблицу документов.
Дайте праймерам осмысленные имена, например. «Мамонт COX1_F» и «Мамонт COX1_R». Затем они будут доступны для использования в других функциях Geneious.
Существует два метода тестирования праймеров на соответствие целевой последовательности. Оба метода требуют, чтобы у вас уже была целевая последовательность в папке данных Geneious.
- Добавить праймеры в последовательность – используйте этот инструмент при тестировании новых праймеров, которые необходимо добавить в вашу базу данных Geneious
- Тест с сохраненными праймерами база данных
Эти два метода рассматриваются в приведенных ниже упражнениях.
Ручной ввод и тестирование одной или нескольких последовательностей праймеров с помощью «Добавить праймеры в последовательность»
Команда Добавить праймеры в последовательность позволяет одновременно создавать и тестировать уже существующие праймеры в отношении целевой последовательности.
Например, вы можете использовать праймеры, найденные в публикации, против вашей целевой последовательности.
При добавлении праймеров к последовательности при запуске инструмента праймеры добавляются в качестве аннотаций к целевой последовательности, если найдено совпадение. У вас также есть возможность вывести соответствующие автономные последовательности праймеров. Чтобы использовать инструмент «Добавить праймеры в последовательность », выберите целевые последовательности и перейдите Праймеры → Добавить праймеры в последовательность .
Упражнение:
В этом упражнении мы введем и протестируем пару «универсальных» праймеров для амплификации прокариотических последовательностей 16S SSU. Эти праймеры использовались для амплификации гена 16S рДНК многих видов бактерий и архей. Мы будем использовать опубликованный E. coli 16S ген SSU, извлеченный из опубликованного генома, в качестве нашей целевой последовательности.
Выберите целевую последовательность E. coli K12 16S SSU.
Мы будем использовать следующие два праймера.
- 27f agagtttgatcmtggctcag
- 1492r tacggytaccttgttacgactt
Go Primers → «Добавить Primers» в Sequence , введите название: и последовательность: для Primer as Apder as Addmer. Установите флажок Разрешить 9.0136 1 несоответствие . Установите флажок Извлечь праймеры в папку . Нажмите OK , чтобы запустить инструмент Добавить праймеры .
Новые праймеры будут добавлены к цели, если будет найдено совпадение, и для каждой последовательности будут созданы новые файлы праймеров.
Использование теста с сохраненными праймерами
Этот инструмент позволяет вам тестировать праймеры, уже имеющиеся в вашей базе данных, на соответствие целевым последовательностям, чтобы определить, как могут выглядеть продукты ПЦР, или сравнивать с другими последовательностями на предмет возможной неспецифической амплификации.
Чтобы использовать этот инструмент, выберите целевые последовательности и перейдите Праймеры → Тест с сохраненными праймерами .
Упражнение:
В этом упражнении мы протестируем гигантские праймеры COX1, которые мы разработали в упражнении 5, используя ген COX1 африканского слона в качестве целевой последовательности.
Выберите DQ316068 — митохондрия Elephas maximus, полный геном. Найдите и выберите CDS COX1, затем перейдите Primers → Test with Saved Primers . Вы можете оставить Источник: установить на Использовать текущую папку , так как эта папка с учебным пособием (Дизайн праймера) будет содержать праймеры, созданные вами в упражнении 5. В качестве альтернативы вы можете использовать Нажмите… кнопку, чтобы определить конкретные праймеры, которые вы хотите протестировать.
Проверьте варианты для Передняя грунтовка , Обратная грунтовка и Только пары .
Убедитесь, что параметр Регион : установлен на Найти праймеры, которые связываются внутри выбранного региона .
Поскольку праймеры, которые мы тестируем, были разработаны для видов, отличных от нашей целевой последовательности, маловероятно, что они будут точно соответствовать, но они все же должны работать в реакции ПЦР с 1 или 2 несоответствиями, если они не слишком близко к 3′-концу. Разрешите это, отметив Несоответствия и установите для параметра Разрешить несоответствия в области привязки значение 2. Для параметра Нет несоответствий в пределах установите значение 3 п.н. 3′-конца. Нажмите OK и теперь ваши настройки должны выглядеть следующим образом:
Нажмите OK , и вы увидите праймеры Mammoth, аннотированные к гену COX1 в последовательности Elephant. Выберите прямую аннотацию праймера и увеличьте масштаб. Подсказка, которая появляется при наведении указателя мыши на аннотацию праймера, показывает, где находятся любые несоответствия с целевой последовательностью.
Вы можете видеть, что этот праймер имеет только одно несоответствие на 5′-конце. Теперь перейдите к обратному праймеру, и вы увидите единственное несоответствие в середине праймера. Эти несоответствия вряд ли повлияют на ПЦР, поэтому эти праймеры должны быть успешными в амплификации последовательностей ЦОГ-1 слона.
Нажмите Сохранить , чтобы сохранить аннотации праймеров к последовательностям. После того как вы аннотировали сайты праймеров, вы можете извлечь последовательность продукта ПЦР для использования в последующих анализах. Выберите DQ316068 — митохондрию Elephas maximus, снова завершите геном и выберите праймеры → Извлечь продукт ПЦР . Убедитесь, что выбраны праймеры Mammoth COX1, и нажмите OK . Поскольку эти праймеры не совпадают с целевыми, вам будет предоставлена возможность либо извлечь целевую последовательность, либо последовательность праймеров. В процессе ПЦР будет преобладать последовательность праймеров, поэтому выберите Экстракт основы праймера .
Теперь вы должны увидеть последовательность продуктов ПЦР в таблице документов.
Вырожденный праймер содержит смесь оснований в одном или нескольких местах. Они полезны, когда у вас есть только белковая последовательность интересующего вас гена, поэтому вы хотите учесть вырождение в генетическом коде или когда вы хотите изолировать похожие гены от множества видов, где сайты связывания праймеров могут не быть идентичными.
Значение вырожденности праймера — это количество различных праймеров, которые представляет последовательность праймера. Например, праймер, содержащий нуклеотидный символ N один раз (и никаких других неоднозначностей), имеет степень вырождения 4, поскольку N представляет четыре основания A, C, G и T. Праймер, содержащий N и R, имеет степень вырождения 4 x 2 = 8, потому что R представляет два основания A и G.
Поскольку вырожденный праймер на самом деле представляет собой смесь разных праймеров, потенциально только часть смеси праймеров будет работать в реальной ПЦР.
Таким образом, лучше всего ограничить вырожденность значением менее 100, так как при более высоких значениях любой праймер станет слишком разбавленным для эффективной работы, а также могут быть амплифицированы неспецифические фрагменты-мишени. Следует также избегать вырожденных оснований на 3′-конце праймера.
В Geneious Prime вы можете создавать вырожденные праймеры, используя выравнивание в качестве шаблона. В этом примере мы разработаем праймеры для амплификации гена MHC класса II, высокополиморфного иммунного гена, обнаруженного у позвоночных.
Нажмите на выравнивание MHC класса II . В окне Показать рядом со средством просмотра последовательности установите флажок Выделение и выберите Все Разногласия по Консенсус .
Из выравнивания видно, что этот ген содержит полиморфные области, перемежающиеся с консервативными областями. Мы хотим сконструировать праймеры, которые будут располагаться в относительно консервативных областях на концах последовательности для амплификации через полиморфные области.
Мы можем сделать это, указав Целевой регион для усиления.
Выберите основания с 41 по 264 в выравнивании, затем нажмите Primers → Design New Primers . Эти базовые числа должны отображаться как в параметрах «Целевой регион», так и в параметрах «Включенный регион». Поскольку это область, которую мы хотим секвенировать, нам не нужны наши праймеры для ПЦР в этой области, поэтому снимите флажок «Включенная область» и установите флажок «Целевая область». Снимите флажки диапазона размеров продукта и оптимального размера продукта, если они отмечены, и установите Количество пар для создания до 1.
Поскольку область от оснований 1-40, где будет располагаться прямой праймер, все еще несколько полиморфна, нам потребуется вырожденный праймер для связывания с этой областью. Разверните панель Характеристики , установите флажок Разрешить вырождение и установите число 300.
В нижней части окна находятся параметры, позволяющие контролировать способ разработки праймеров для выравниваний.
Для вырожденных праймеров выберите их разработку на Consensus . Затем нажмите Параметры консенсуса , чтобы установить, насколько переменной должна быть позиция, чтобы сделать ее вырожденной. В этом окне установите Threshold на 75%. Это означает, что в любом заданном сайте праймера праймер будет соответствовать по крайней мере 75% последовательностей в выравнивании. Таким образом, если более 75% последовательностей в выравнивании имеют одно и то же основание в любом заданном положении, это положение не будет вырожденным в праймере. Если вам нужен праймер, в котором каждое отдельное основание варианта в каждой последовательности включено в праймер, установите порог консенсуса на 100%.
Теперь ваши настройки должны выглядеть так, как показано на рисунке ниже. Нажмите ОК.
Вы должны обнаружить, что к консенсусной последовательности добавлена одна пара праймеров. Наведите указатель мыши на передний праймер, чтобы вызвать подсказку. Вы увидите, что этот праймер имеет 4 вырожденных сайта, обозначенных буквами Y, M, B и R.